1985年- 平安福音堂內部開辦的「聯堂神學課程」，神把神學裝備培育時代工人的異象，放在眾長老同工心中。

1993年- 平安福音堂眾堂會同心透過結合「聯堂神學課程」及「牧職培訓課程」形成校外課程，聯合發起成立「香港基督徒牧職培訓學院」。院址為大芒輋。

1995年- 香港短宣中心校友會開辦的「牧職培訓課程」，再次喚起正規神學裝備的呼聲，香港平安福音堂眾堂會組成「香港基督徒牧職培訓學院」籌委小組。

1996年- 學院4月正式開課及招收兩年全時間文憑科學生；遷入第二院舍——牛潭尾。

1997年- 開始招收四年全時間學士科學生及首屆文憑科畢業生畢業；首任院長為滕張佳音教士正式上任；滕近輝牧師以講座講師形式加入學院。

1999年- 9月1日正式易名為「牧職神學院」。

2000年- 6月首屆學士科畢業生畢業。

2001年- 遷入第三院舍——都會廣場。

2006年- 第二任院長李盛林牧師接任。

2016年- 第三任院長冼日新牧師接任。

2018年- 與墨爾本神學院合辦「學士後文憑 (道學)」課程開辦 (「道學碩士」課程計劃於2019年開辦)。